《心动千年》的故事，从一场意外的重逢开始。这天，女主角苏婉在古镇的茶馆里偶遇了多年未见的故人——她的初恋男友林远。两人四目相对，时间仿佛在这一刻静止。林远如今已是知名画家，而苏婉则继承了家族的茶庄，过着平淡却充实的生活。茶馆里飘着淡淡的茶香，两人坐下叙旧，聊起当年的误会与遗憾，气氛既温馨又带着一丝伤感。

  原来，当年林远为了追求艺术梦想不告而别，苏婉却误以为他背叛了自己。如今真相大白，苏婉心中百感交集。林远拿出一幅画，画中是年轻时的苏婉站在茶庄门口微笑的模样。他轻声说道：“这些年，我画过无数风景，但最美的始终是你。”苏婉眼眶微红，却只是淡淡一笑，没有接话。她知道，过去的感情就像这杯中的茶，再回味也无法回到最初的味道。

  与此同时，苏婉的现任男友陈默正在茶庄忙着筹备一场重要的品鉴会。他是个务实稳重的商人，对苏婉体贴入微，但总觉得她心里藏着什么。陈默无意间从伙计口中听说苏婉见了林远，心里顿时五味杂陈。他犹豫再三，还是决定亲自去茶馆看看。当他推开门，正巧看到林远伸手为苏婉拂去肩上的落叶，动作亲昵得刺眼。

  陈默没有上前打扰，默默转身离开。回到茶庄后，他一个人坐在院子里发呆。苏婉回来后察觉到他情绪不对，主动问他怎么了。陈默沉默片刻，终于开口：“你是不是还放不下他？”苏婉愣了一下，随即明白他指的是林远。她叹了口气，握住陈默的手说：“过去的事早就过去了，我现在在乎的是你。”陈默将信将疑，但看到她认真的眼神，还是选择相信。

  另一边，林远在客栈里翻看着旧照片，回忆如潮水般涌来。他的助理小杨看出他的心事，忍不住劝他：“既然放不下，为什么不争取一次？”林远苦笑着摇头：“有些错过，就是一辈子。”然而命运却偏偏喜欢开玩笑。第二天，苏婉在整理茶庄仓库时，意外发现了一封当年林远留给她的信，原来他并非不告而别，而是写了信解释一切，只是阴差阳错她从未收到。

  苏婉握着泛黄的信纸，手微微发抖。信中林远写道：“等我功成名就，一定回来风风光光娶你。”她忽然想起昨天他说的话，原来他一直在履行当年的承诺。就在这时，陈默突然出现，看到她手中的信，脸色瞬间苍白。苏婉急忙解释，但陈默只是苦笑：“我早该知道，我永远比不过他在你心里的位置。”说完转身离去，留下苏婉站在原地，泪水模糊了视线。

  夜幕降临，苏婉独自走在古镇的石板路上，不知不觉来到了小时候常和林远约会的老槐树下。令她意外的是，林远正靠在树下等她。月光洒在两人身上，林远轻声问：“如果当初那封信没有丢，我们现在会不会不一样？”苏婉望着远处的灯火，良久才回答：“可惜没有如果。”这一刻，她终于明白，有些人注定是生命中的过客，而真正的幸福，或许就在触手可及的地方。

  第二天清晨，苏婉敲响了陈默的房门。当他打开门时，她红着眼睛说：“给我一点时间，我会把过去彻底放下。”陈默紧紧抱住她，声音有些哽咽：“我等你。”而林远则站在远处的巷口，看着这一幕，默默转身离去。他登上离开古镇的船，画本上多了一幅新作：晨光中，一对相拥的恋人，背影模糊却温暖。故事的最后，茶庄的品鉴会如期举行，苏婉和陈默并肩迎接宾客，两人的手始终紧紧握在一起。