《心动千年》一开场，镜头就对准了女主角苏婉。她正独自坐在古色古香的书房里，手里捧着一本泛黄的旧书，眉头紧锁。窗外雨声淅沥，衬得屋内更加安静。原来，她最近总梦见一些奇怪的场景——自己穿着古代衣裳，站在一座陌生的城池前，而梦里总有个模糊的身影在呼唤她。这些梦让她心神不宁，连工作都提不起劲儿。

  这时，男主角陆远推门进来，手里还端着两杯热茶。他看出苏婉的异样，轻声问她是不是又做噩梦了。苏婉点点头，犹豫片刻后，终于把梦里的细节告诉了陆远。没想到陆远听完脸色一变，原来他也做过类似的梦，梦里自己是个将军，而苏婉正是他未能守护的心上人。两人面面相觑，都觉得这事儿太邪乎。

  为了弄清真相，他们决定去找陆远的老友——一位研究民间传说的大学教授。教授听完他们的描述，眼睛一亮，翻出一本古籍指给他们看。书上记载着千年前的一段凄美爱情：将军奉命出征前，与心爱的姑娘约定归来便成亲，可战事惨烈，将军战死沙场，姑娘听闻噩耗后殉情而死。教授推测，两人可能是这对恋人的转世，因为执念太深，记忆才会跨越千年重现。

  当天夜里，苏婉的梦更清晰了。她梦见自己站在城墙下，眼睁睁看着陆远（梦里是将军）带兵远去，胸口疼得像被撕开一样。醒来时枕头都哭湿了半边。而陆远那边也不好过，他梦见自己浑身是血倒在战场上，手里还攥着半块玉佩——那玉佩正和苏婉奶奶传给她的一模一样。

  第二天，两人相约去城郊的古寺散心。说来也怪，一进寺庙，苏婉就觉得莫名熟悉。当她在后院发现一口枯井时，突然头痛欲裂，恍惚间看见井底有东西闪光。陆远赶紧找来绳子下去查看，竟捞上来一个生锈的铁盒，里面躺着半块残缺的玉佩，和他们梦里的信物对上了。住持见状双手合十，叹道："因果轮回，两位施主这是了却前世缘啊。"

  就在他们捧着玉佩发呆时，苏婉突然发现自己的手在发光。更神奇的是，当陆远握住她的手，两半玉佩竟自己拼合在一起，发出柔和的光芒。刹那间，无数记忆碎片涌入脑海——他们终于看清了千年前的所有故事：那次分别前的拥抱，战火中的思念，以及生死相隔的绝望。等回过神来，两人早已泪流满面，但心里那股缠绕多时的郁结却神奇地消散了。

  回程的公交车上，苏婉靠着陆远的肩膀睡着了，这次她再没做噩梦。陆远轻轻拂开她额前的碎发，忽然发现她锁骨处若隐若现的胎记，和自己梦里那位姑娘的一模一样。他悄悄笑了，把她的手握得更紧了些。车窗外的夕阳把云彩染成金红色，仿佛千年前那场没能等到的重逢，终于在这一世圆满。