《心动千年》的故事，从一场意外的重逢开始。这天，女主角林小满在古玩市场闲逛，突然被一块古老的玉佩吸引。她拿起玉佩仔细端摩，却发现玉佩背面刻着与她梦境中一模一样的纹路。正当她出神时，身后传来一个熟悉的声音：“这块玉佩，似乎与你有缘。”林小满回头一看，竟是消失了许久的男主角沈墨。他依旧是一身素雅的长衫，眼神深邃如古井，仿佛穿越千年的时光而来。

  林小满又惊又喜，问他这段时间去了哪里。沈墨微微一笑，没有直接回答，只是轻声说道：“有些事情，是时候让你知道了。”他带着林小满来到一座僻静的老宅，推开斑驳的木门，屋内陈设古朴，仿佛时间在此停滞。沈墨从柜子里取出一幅画卷，缓缓展开——画中的女子竟与林小满长得一模一样。原来，沈墨是千年前的人，因一场意外穿越到现代，而林小满正是他前世恋人的转世。

  林小满听完，只觉得天旋地转，既难以置信又莫名熟悉。她抚摸着画卷，脑海中闪过零碎的画面：古色古香的庭院、纷飞的战火、离别的泪水……沈墨握住她的手，温声道：“这一世，我不想再错过你。”林小满心乱如麻，不知该如何面对这段跨越千年的感情。

  就在这时，一个神秘人突然闯入老宅。他自称是沈墨的宿敌，千年来一直追杀沈墨，目的是夺取他身上的长生秘术。神秘人冷笑：“你以为躲到现代就能逃脱吗？”话音未落，他已出手攻击。沈墨为了保护林小满，与她一同跌入了时空裂缝，回到了千年前的古代。

  当林小满睁开眼，发现自己置身于一座陌生的古城，周围是熙熙攘攘的人群，穿着古装的百姓来来往往。她惊慌失措，却见沈墨站在不远处，眼中满是歉意：“对不起，将你卷入这场纷争。”林小满深吸一口气，努力让自己冷静下来。既然命运如此安排，她决定直面这一切，与沈墨一起解开千年的谜团。

  两人在古城中一边躲避神秘人的追捕，一边寻找回到现代的方法。途中，林小满逐渐回忆起前世的记忆，她曾是将军之女，与沈墨相爱却因战乱分离。这一世，她不愿重蹈覆辙。与此同时，神秘人的阴谋也逐渐浮出水面——他企图利用长生秘术颠覆历史。为了阻止他，林小满和沈墨必须联手，哪怕付出巨大的代价。

  的结尾，林小满和沈墨站在古城的高楼上，望着远处的烽火。她坚定地说：“这一次，我不会再让你一个人面对。”沈墨紧紧握住她的手，眼中满是感动与决绝。两人的命运，在这一刻彻底交织在一起，一场跨越千年的爱恋与冒险，就此展开。