《心动千年》的故事，从一场意外的相遇开始。这天，女主角苏婉正在古董店里整理货架，突然发现一枚古老的玉佩。这玉佩通体碧绿，上面刻着繁复的花纹，隐约透着神秘的气息。就在她拿起玉佩的瞬间，眼前一黑，仿佛被拉入了一个陌生的时空。

  等她再睁开眼，发现自己竟站在一座古色古香的庭院里，四周是雕梁画栋的建筑，远处传来丝竹之声。苏婉一脸茫然，低头看了看手中的玉佩，发现它正微微发着光。这时，一个身着锦袍的年轻男子从长廊尽头走来，正是男主角——当朝大将军之子萧景琰。他目光锐利，一眼就注意到了这个衣着古怪的女子。

  “你是何人？为何擅闯将军府？”萧景琰冷声质问。苏婉慌忙解释自己并非有意闯入，却不知如何说明自己的来历。萧景琰见她言辞闪烁，心中生疑，命人将她暂时关押起来。苏婉急得直跺脚，却无可奈何，只能跟着侍卫离开。

  夜里，苏婉辗转难眠，突然听到窗外有动静。她悄悄起身，发现萧景琰正站在院中，手中拿着那枚玉佩，神情凝重。原来，这玉佩是萧家祖传之物，传闻与一段千年前的姻缘有关。苏婉鼓起勇气，走到他面前，将自己莫名穿越的经过一五一十地告诉了他。

  萧景琰起初半信半疑，但见苏婉眼神真诚，且对现代社会的描述细致入微，渐渐相信了她的话。两人决定合作，一起查明玉佩的秘密。第二天，萧景琰带苏婉去见了自己的师父——一位隐居山林的高人。师父见到玉佩后，神色大变，告诉他们这玉佩蕴含着跨越时空的力量，而苏婉的出现，或许正是命运的安排。

  就在他们准备进一步探究时，将军府突然传来消息：敌国细作潜入城中，意图盗取萧家的宝物。萧景琰匆忙赶回，苏婉也跟了过去。回府后，他们发现府中一片混乱，而那枚玉佩竟不翼而飞。萧景琰意识到事情的严重性，若玉佩落入敌手，后果不堪设想。

  苏婉提议利用自己对现代技术的了解，设计一个陷阱。她让萧景琰放出假消息，引蛇出洞。果然，敌国细作中计，被萧景琰一举擒获。然而，细作临死前透露，玉佩已被送往敌国大营。萧景琰决定亲自前往夺回玉佩，苏婉坚持要一同前往。

  两人一路跋涉，终于抵达敌营。趁着夜色，他们潜入营中，找到了玉佩。就在他们准备离开时，却被敌军发现。危急关头，苏婉急中生智，用火把点燃了营帐，制造混乱。萧景琰趁机带着她杀出重围，两人一路狂奔，终于甩掉了追兵。

  回到安全的地方，萧景琰郑重地将玉佩交还给苏婉。他看着她，眼中多了几分温柔：“或许，你的到来真的是天意。”苏婉握紧玉佩，心中也泛起一丝异样的情愫。然而，就在这时，玉佩突然发出耀眼的光芒，将两人笼罩其中……

  光芒散去后，苏婉发现自己又回到了古董店，仿佛一切只是一场梦。但当她低头时，发现手中依然握着那枚玉佩，而店里的日历显示，时间只过去了一分钟。她怔怔地站在原地，脑海中全是萧景琰的身影。而此时的古代时空，萧景琰也站在庭院中，望着苏婉消失的地方，久久未动。