《心动千年》一开场，镜头就对准了女主角苏婉清。她正坐在书桌前，手里捏着一封泛黄的信笺，眉头紧锁。这封信是她无意间在祖宅的旧箱子里翻出来的，上面写满了她看不懂的古文，但落款却让她心头一震——竟是她梦中反复出现的那个名字：沈墨。

  与此同时，男主角沈墨正在现代城市的咖啡馆里发呆。他总觉得自己忘了什么重要的事，尤其是每次路过古玩市场时，那些老物件总让他莫名熟悉。这天，他鬼使神差地买下一块残缺的玉佩，回家后对着灯光细看，玉佩内竟浮现出“婉清”二字。

  夜里暴雨倾盆，苏婉清撑着伞来到祖宅后院的古井边。传说这口井能连通时空，她本不信这些，可当井水突然泛起金光时，她竟看见井底映出沈墨的脸！吓得她后退两步，却踩滑跌入井中。就在这千钧一发之际，一道白光闪过——再睁眼，她发现自己站在熙熙攘攘的古代街市上，远处茶楼里，身着月白长衫的沈墨正含笑望过来。

  原来沈墨是当朝翰林院编修，而苏婉清穿越成了即将与他联姻的尚书府千金。两人初见时都愣住了——这不就是梦中人的模样？但碍于礼数，只能装作初次相识。沈墨递茶时“不小心”碰触到她的手，苏婉清耳尖瞬间通红，这一幕被躲在屏风后的庶妹看得清清楚楚。

  庶妹苏玉柔早就嫉妒嫡姐的好姻缘，当晚就撺掇母亲把婉清许给暴虐的宁王。尚书夫人本就偏心疼爱小女儿，竟真动了心思。次日宫中设宴，宁王故意把酒泼在婉清裙上，要她去偏殿更衣，实则是设下陷阱。危急关头，沈墨假借送醒酒汤闯入，宁王恼羞成怒拔剑相向，谁料看似文弱的沈墨竟徒手夺剑，反将剑尖抵在对方喉间。

  这场风波让两人关系突飞猛进。雨夜回府的马车上，沈墨突然握住婉清的手：“姑娘可相信，有人会梦见千年后的世界？”婉清心头狂跳，还没回答，马车突然急停——前方黑衣人拉弓搭箭，直指沈墨心口！