《心动千年》的故事，从一场意外的相遇开始。这天，女主角苏婉在古董店闲逛时，偶然发现一枚古老的玉佩。玉佩上刻着奇怪的纹路，仿佛藏着某种秘密。她刚拿起玉佩，突然感到一阵眩晕，眼前闪过无数陌生的画面。等她回过神来，发现周围的一切都变了——她竟然穿越到了千年前的古代！

  苏婉一脸茫然地站在熙熙攘攘的街道上，周围的人都穿着古装，用奇怪的眼神打量着她。她低头看看自己，身上的现代衣服显得格格不入。就在这时，一个身穿华服的男子骑马经过，差点撞到她。男子勒住马缰，居高临下地看着她，冷声问道：“你是何人？为何在此挡路？”苏婉抬头一看，顿时愣住了——这男子竟和她在现代暗恋的学长长得一模一样！

  男子名叫李墨，是当朝大将军之子，性格冷峻，不近女色。他见苏婉衣着怪异，言语古怪，以为她是敌国派来的细作，便命人将她带回府中审问。苏婉拼命解释自己来自未来，可没人相信她的话。李墨对她半信半疑，决定暂时将她关在府中，派人监视。

  在将军府的日子里，苏婉渐渐适应了古代的生活。她发现李墨虽然表面冷酷，但内心善良，尤其对百姓疾苦非常关心。一次，她偷偷溜出府，看到李墨在街头帮助贫苦老人，顿时对他改观。而李墨也发现苏婉与众不同，她懂很多稀奇古怪的知识，甚至能预测一些事情的发生。两人在相处中，慢慢产生了微妙的情愫。

  然而，好景不长。朝中权臣赵大人一直想除掉李墨一家，得知府中来了个来历不明的女子，便借题发挥，诬陷李墨私通敌国。皇帝听信谗言，下令将李墨革职查办。危急关头，苏婉利用现代知识，帮李墨找到了证明清白的证据。两人联手揭露了赵大人的阴谋，李墨一家终于洗脱冤屈。

  经历这场风波后，李墨对苏婉的感情更深了。他问她：“你究竟从何处来？为何要帮我？”苏婉望着他的眼睛，轻声说道：“如果我说，我是为你而来，你信吗？”李墨愣住了，正想追问，苏婉却突然感到一阵熟悉的眩晕——她知道，自己可能要回到现代了。就在她的身影渐渐模糊时，李墨冲上前想抓住她，却只握到了一片虚空……

  镜头一转，苏婉猛地睁开眼，发现自己又回到了古董店，手里还握着那枚玉佩。她恍惚间分不清刚才的一切是梦还是真实。就在这时，店门被推开，一个熟悉的身影走了进来——正是和李墨长得一模一样的现代学长。他微笑着对她说：“你好，我们是不是在哪里见过？”苏婉的眼泪瞬间夺眶而出，故事在这一刻戛然而止，留给观众无限遐想。