《皇朝太医》的故事继续围绕着宫廷中的权力斗争和太医们的命运展开。这一集的开头，太医张仲景因为之前救治太子有功，被皇帝特别嘉奖，赐予了御赐金匾。然而，这份荣耀却引来了太医院其他同僚的嫉妒，尤其是太医令赵德芳，他暗中对张仲景怀恨在心，认为自己的地位受到了威胁。

  与此同时，宫中突然爆发了一场奇怪的瘟疫，许多宫女和太监相继病倒，症状诡异，连太医院的常规药方都无效。皇帝下令太医院必须在三天内找到解药，否则严惩不贷。张仲景主动请缨，决定深入调查这场瘟疫的源头。他在病患的衣物上发现了一种罕见的毒草痕迹，怀疑这场瘟疫并非天灾，而是人为。

  张仲景将自己的发现告诉了太医令赵德芳，希望能联手调查。然而，赵德芳表面上答应，背地里却派人销毁了证据，还散布谣言称张仲景是为了博取功劳而故意夸大其词。张仲景陷入孤立无援的境地，但他并没有放弃，而是决定独自追查真相。

  在调查过程中，张仲景结识了一位神秘的民间女子柳如烟。柳如烟精通草药，对毒物颇有研究。她告诉张仲景，这种毒草只生长在皇宫后山的禁地，普通人根本无法接触到。两人决定联手潜入禁地，寻找更多线索。在禁地中，他们发现了一片被刻意种植的毒草田，旁边还有一封密信，指向了赵德芳的名字。

  原来，赵德芳为了陷害张仲景，故意制造了这场瘟疫，企图借皇帝之手除掉他。张仲景和柳如烟带着证据返回宫中，准备揭发赵德芳的阴谋。然而，赵德芳早已料到他们会行动，提前在皇帝面前诬陷张仲景勾结外人图谋不轨。皇帝大怒，下令将张仲景关入大牢，柳如烟也被通缉。

  就在张仲景命悬一线之际，太子突然病情加重，太医院束手无策。皇帝无奈，只得释放张仲景，命他救治太子。张仲景凭借高超的医术，成功稳定了太子的病情。皇帝对他的态度有所缓和，开始怀疑赵德芳的动机。最终，在柳如烟的帮助下，张仲景将赵德芳的罪证呈递给了皇帝。赵德芳的阴谋被揭穿，被革职查办，张仲景则被重新重用。

  这一集的结尾，张仲景和柳如烟在宫外的竹林中小聚，两人相视一笑，似乎对未来充满了希望。然而，宫中的暗流并未平息，新的危机正在酝酿，故事还在继续。