《皇朝太医》的故事紧接上一集的紧张氛围，太医们面对突如其来的瘟疫束手无策，整个皇城陷入恐慌。皇帝震怒，下令太医院必须在三日之内找到解药，否则全体太医都将受到严惩。太医令张大人心急如焚，召集众太医连夜商讨对策，可众人意见分歧，争吵不休。

  此时，年轻的太医李时珍站了出来。他提出，这场瘟疫的症状与古医书中记载的“热毒症”极为相似，或许可以用“青蒿汤”一试。但这一提议遭到资深太医王大人的强烈反对，他认为李时珍资历尚浅，提出的方子风险太大，万一出错，后果不堪设想。两人争执不下，张太医最终决定让李时珍私下试验，但不得声张。

  李时珍回到自己的药房，连夜熬制青蒿汤。他想起小时候跟随师父采药时，曾见过村民用青蒿治疗类似的热症，心中多了几分把握。然而，试药的病人情况并未立刻好转，反而出现了呕吐的症状。王太医得知后，立刻向张太医告状，指责李时珍草菅人命。张太医无奈，只得下令暂停李时珍的职务。

  就在众人以为希望破灭时，试药的病人突然退烧了！原来，呕吐是排毒的正常反应。李时珍的方子终于见效了！他兴奋地跑去向张太医汇报，可王太医却冷嘲热讽，认为这只是巧合。张太医虽然心中欣喜，但碍于面子，只是淡淡地说了句“再观察”。

  与此同时，皇城外的灾民越聚越多，瘟疫有扩散的趋势。皇帝得知后，亲自召见张太医，询问进展。张太医支支吾吾，不敢说出李时珍的方子。关键时刻，李时珍不顾阻拦，闯进大殿，向皇帝禀明了青蒿汤的疗效。皇帝半信半疑，但眼下别无他法，便命李时珍全力救治。

  李时珍带着药方奔赴灾区，日夜不休地熬药、诊治。他的努力没有白费，越来越多的病人康复了。百姓们感激涕零，称他为“神医”。消息传回皇宫，皇帝龙颜大悦，下旨嘉奖李时珍，并严惩了隐瞒实情的王太医。张太医也因用人不察被罚俸禄。

  这一集的结尾，李时珍站在城楼上，望着逐渐恢复生机的皇城，心中感慨万千。他知道，自己的医者之路才刚刚开始，前方还有更多的挑战等待着他。